Bilindiği üzere modern çağa girilmesiyle beraber bilimler tabiat bilimleri ve sosyal bilimler olmak üzere iki ana gruba ayrıldı. Ölçülebilir ve matematiğin diliyle ifade edilebilir gerçeklik dünyası, başka bir deyimle "fiziki gerçeklik" tabiat bilimlerinin konusu olurken, insanın birey ve toplumsal varlık olarak davranışları sosyal bilimlerin konusu haline geldi/getirildi.

Ayrıca belirtmeye gerek yok ki, her iki bilim grubu arasındaki ortak payda, "bilimsel yöntem" ve söz konusu yöntemin Aydınlanma felsefesi zemininde bizi bilgiye götüren mümkün olan tek yol kabul edilmesidir. Halen bütün dünyada her iki kategoride bilim adamları belli bir yöntemi takip ederek inceleme ve araştırmalarını sürdürmektedirler.

Sosyal bilimler tedvin edildiğinde, tabiat bilimlerinin, özellikle fizik ve biyolojinin yöntemleri benimsendi. Yani aslında sosyal bir olay, sanki bir tabiat olayıymış gibi, neredeyse beşeri karakterinden tecrit edildi ve fiziki gerçeklikle eş değer tutuldu. Bu pozitivizmin kaçınılmaz olarak empoze ettiği bir felsefi yaklaşımdı. Halbuki, bilimlerle beraber bırakın metafiziğin kavramlarına baş vurup bazı beşeri-toplumsal olayların açıklamasını yapmaya çalışmak, felsefenin dahi sosyal bilimler için fayda temin etmeyen boş bir polemik veya zihni bir spekülasyon olduğu iddia edildi. Bu sayede pozitivizme kapı aralanmış oldu ki, bu temel varsayıma göre, "sadece tabiatı değil, aynı zamanda tarihi ve toplumu, bunların gelişimlerini belirleyen yasaları ortaya çıkarmak amacıyla, bilimsel modelleri uygulamak ve olayları bu tarzda açıklamak" icap edecektir.

Fayerabend, söz konusu yöntemin yetersiz olduğunu söylüyor, ancak hala bilim dünyası bilimsel yöntemin dışında başka bir yöntem kullanmıyor, her alanda demokratik katılım fikri yüceltilirken, sıra bilimsel yönteme geldiğinde modern demokrasiler bu alanda çoğulculuğun, yani birden fazla yöntemin olabileceğini hiçbir şekilde kabul etmiyorlar. Ama elbette bu başka yöntem arayışı olmadığı anlamına gelmiyor. Bilim kendisi gelişme içinde olduğu gibi, yöntemi de gelişme içinde olmak durumundadır.

Tabii ki bir toplumun her iki bilim grubuna ihtiyacı var. Ancak toplumsal hayatın birinci derecede hangi bilim grubuna ihtiyacı vardır, diye sorulacak olsa, kişisel olarak ben sosyal bilimleri işaret ederim. İslami ilimlere vukufiyet, İslami tefekkür ve İslam'ın zengin bilgi, düşünce ve sanat mirası olmaksızın sosyal bilimlerde mesafe almak da yetmez. Hele sadece tabiat bilimleriyle yetinmek hepten felakettir. Zira tabiat bilimleri sonuçta birer zenaat hükmünde iş görmektedirler. Ama sosyal bilimlerde politika, entelektüel hayat, ruhsal durum, anlam haritası ve insanın yapıp ettiklerinin amacı gibi konular öne çıkmaktadır. Kişisel hayatımızın bilimle ilişkisi bir yana, bir ülkede güçlü entelektüeller yoksa, o ülkenin başkalarının politik, askeri ve stratejik denetimine girmesi pek ala mümkündür. Bu açıdan sosyal bilimler hayati derecede önemlidir. Sorun şu ki, sosyal bilimlerde kullanılan ve neredeyse mutlaklaştırılan bilimsel yöntem entelüktüel hayatı derin bir biçimde kurutmakta, insani irfanı çölleştirmektedir.

20. yüzyılın son 10 yılına kadar ABD'de okuyan üçüncü dünya ülkeleri öğrencilerinin yüzde 97'si teknik, fen veya tabiat bilimleri okurdu. Bunun büyük sakıncalar teşkil ettiği anlaşıldı, şimdi sosyal bilimlere büyük ağırlık verilmeye çalışılıyor. Ülkenin kalkınması, beşeri ve tabii kaynaklarının verimli kullanılması en genelde doğru politikaların çizilmesine bağlıdır, bu da entelektüellerin yetişmesiyle ilgili bir konudur.

Yeni Müslüman entelektüelin göz önünde bulundurması gereken üç önemli mesele var:

Bilimsel yöntem mümkün olan yöntemlerden biridir, akademik ve bilimsel yönteme aşırı vurgu veya güven, bizi gerçekliğin bilgisine götürmez.
İster tabiat bilimleri ister beşeri/sosyal bilimler alanında olsun, yaptığımız her çalışmada fizik-metafizik ayırımına gidemeyiz. Esasında İslam bakış açısından fizik-metafizik ayırımının bir hakikat değeri yoktur, Hakikat tektir ve farklı biçimlerde tezahür eder. Gayb ve müşahede metafizik veya fizike tekabül etmez, Ayrıca gayb müşahede aleminde, batın zahirde içkindir.
İslam dini, İslam tarihi ve Müslüman toplumun sorunlarını anlamaya çalışırken, mevcut sosyal bilimlerin kavramları ve akademik yöntemiyle yetinmek mümkündür, bu bizim anlama kapasitemizi kısıtlar.