İlahiyatçıların, gerek akademizmin gereklerini yerine getirmek gerekse İslam'a ait olmayan sorunları zihin dünyamıza dahil etme çabalarının, genel entelektüel hayat üzerinde etkisi olmaktadır. Dikkatlice gözlendiği takdirde tespit edilebileceği gibi, İlahiyatçıların etkisinde birçok İslamcı veya Müslüman aydın, ya da dini kimliğini reddetmeyen, gizleme lüzumunu hissetmeyen yazar, bilgi ve fikir beyan ederken "seküler bir dil" kullanmanın daha moda ve cazip olduğunu düşünür. Aslında İlahiyatçının kaygısı ile serbest-sivil yazarın kaygıları farklıdır. Zira İlahiyatçıyı mobilize eden faktör mesleki zorunluluklar, sivil yazar veya aydını mobilize eden bir tür referans gördüğü şahsa öykünmedir.
İlahiyatçı kullandığı dil, takip ettiği yöntem (bilimsel ve akademik) ve alana dahil ettiği sorunlar dolayısıyla farkında olsun olmasın, İslam'ı sekülerleştirici bir misyon gördüğünden, onu dışarıdan referans seçenin zihni faaliyeti üzerinde de sekülerleştirici bir etkiye sebebiyet vermektedir.
Bu çerçevede İlahiyatçıların ortaya koydukları genel hasıla göz önüne alındığında, çalışmalarında belirgin bir biçimde "analoji" yaptıklarını tespit edebiliyoruz. Analoji tabii ki kendi başına zararlı değildir. Ama yanlış bağlamlara kapı açtığında kontrol edilemez muhteva değişikliklerine yol açar. Bu türden çok sayıda örnek göstermek mümkün. Mesela kolayca bir ilahiyatçı Kur'an'da Freud'un Psikanalizmi'ni veya Geştalt Psikolojisi'ni arayıp bulabiliyor. Yapılan tezlere bakın, "Kur'an-ı Kerim'de Gestalt Psikolojisi" başlığı altında bir tezin yapıldığını görebilirsiniz. Kur'an, bahsettiği insan, ruh, nefs ve çeşitli beşeri haller ile Gestalt psikolojisi arasında temelde uzaktan yakından benzerlik yoktur. Sadece birtakım yüzeysel benzerliklerden hareketle Kur'an'ın 1.400 sene önce Gestalt'ı haber verdiği iddia edilebilir.
Bu büyük ölçüde konuyu veya muhtevayı modern zihne yaklaştırmak amacıyla İslami terimlere seküler dürtülerle semantik müdahalede bulunma çabasının sonucudur. Bu sayede zamanla dinin dilini ve geleneksel söylemini önce vitrinden indiriliyor, sonra da salondan süpürüp tabir caizse evin mahzenine süpürüp orada saklanmaya başlanıyor. Modern kültür dini mahzene ittiği dini çürümeye terk etmek istemektedir ki, buna İslam direnmektedir.
İlahiyatçıların diğer bir handikapı, akademik ve bilimsel yönteme fazlasıyla sadakat gösterip, onu mutlaklaştırmalarıdır. Hâlbuki İslam'ın bilgi elde etme usulü akademik veya bilimsel yöntem değildir. İslam'ın kendine göre bir bilgi elde etme usulü, yani fıkıh usulü, hadis usulü, tefsir usulü, kelam usulü vardır. Akademik yöntem, bir tür bilgi tekniği ve arkeolojisini yapma girişimidir. Akademisyen kendi dar-özel alanına hakim olmak ister, ama bu arada hem indirgeme yaptığından hem bilgiyi nesneleştirip bir tür mekanik malzeme olarak kullandığından, ne İslam'ın hakikatleri hakkında bize bilgi verir ne de gündelik hayatta hareket ederken bize bir yol haritası çizer. Burada kategorik olarak "din ile bilim" arasında olmaktan çok, İslam ile ilahiyatçının dili ve yöntemi arasında temel bir çatışma baş göstermektedir.
Akademik dilin soğuk, sakin ve bir ölçüde mekanik yapısını göz önüne alsak bile –ki bu aşırılaştırılmadığı veya yapmacık olarak kullanılmadığı sürece gereklidir-, "bilimsel olma veya akademik görünme" adına ruhi iştirakle desteklenmekten uzak mekanik bir anlatımın özellikle seçildiğini görüyoruz. Dinin dili –kelimeler bir yana- anahtar terimler kullanma zorunluluğu doğduğunda dahi terim kendi lokal evreninden tecrit edilmekte, bazen da sanki ona sahip çıkılmadığını belirtmek üzere tırnak içine alınmaktadır.
Bu çerçevede ve biraz da sadakatla takip edilen yöntemin doğasından kaynaklanmak üzere, İlahiyat fakültelerinde "İslami bilgi" üretilmiyor, birçoklarının artık yeterince farkına vardığı üzere "İslam ve din hakkında konuşuluyor, yazılıp çiziliyor." Esasında amprik çalışmalar ve dinin din sosyolojisine indirgenmesi bizzarure böyle bir sonucu doğurmaktadır. Bu da başka bir tehlikedir.