Osmanlılar 28 Aralık 1516’da Sinan Paşa önderliğinde, Yavuz Sultan Selim’in Mısır Seferinde Kudüs’e girdiler.
Osmanlı Sultanı Kanuni Sultan Süleyman Kudüs şehrini çevreleyen surları 1542 yılında inşa ettirdi.
Kanuni'nin Eşi Hürrem Sultan Tekkesini inşa ettirdi. Bu tekkeden çok sayıda fakirin yemek ve ihtiyaçları karşılanıyordu.
Kanuni Sultan Süleyman Kudüs şehrinin istikrarı ve güveni için Kudüs-Yafa şehri arasındaki yolun kontrolünü El-Ebigavş kabilesine verdi.
Kanuni, Kudüs'te kutsal mekânlarda temizliğe ve edebe uyulması hakkındaki bir ferman çıkardı.
Kudüs tüm Osmanlı padişahları için önemliydi. Bu sebeple hürmet gördü.
Kudüs’ün Fethinden sonra Yavuz Sultan Selim Mukaddes Kudüs şehrini 31 Aralık 1516 tarihinde ziyaret etti ve şehrin ismini Kudüs-ü Şerif olarak değiştirdi.
Osmanlı Devleti Kudüs'e 401 yıl hâkim olmuştur.
Kudüs şehri Osmanlı Döneminde 401 yıl boyunca barış ve huzur içinde yönetildi.
Kanuni Sultan Süleyman Kudüs Şehri için birçok hizmette bulundu. Kudüs Şehrinin surlarını yenilettirdi.
Kudüs kalesinin restoresini yaptırdı. Birçok sayıda çeşme yaptırdı, Kubbetü’s Sahra’nın yer döşemesi Mescid-i Aksanın Surlarını ve Kapılarını restore edip yenilettirdi.
Kudüs'ün su ihtiyacını karşılayan Sultan havuzu, Kanuni’nin Kudüs’e kazandırdığı en önemli armağanlardan bir tanesidir.
Kudüs 1820 yılında Şam eyaletine bağlandı.
1831 de Mısır valisi İbrahim Paşa Kudüs ve Şam bölgesini işgal etti ve o dönemde bölgede çok sayıda çatışma oldu.
Sultan Abdülmecid Mescid-i Aksanın restoresini yaptırmış ve 20000 altın harcamıştır.
Sultan Abdülmecid döneminde Osmanlı Kudüs’e tekrar hâkim oldu.
1. Dünya Savaşı sırasında 09 Aralık 1917 tarihinde Kudüs, İngilizler tarafından işgal edildi ve Osmanlı hakimiyeti sona erdi.
1909 yılında El-Halil kapısının yanına büyük kale inşa edildi ve yanına çeşme yaptırıldı.
Sultan II. Abdülhamid tarafından 1892’de Kudüs-Yafa şehri arasında tren yolu inşa edildi.